Pada ribuan tahun yang lalu, kondisi alam Indonesia berbeda dibanding dengan masa sekarang. Memasuki kala pleistosen, secara umum kondisi alam sudah stabil, kecuali Indonesia bagian timur. Selama kala pleistosen berlangsung jaman es (Glasial), dimana es di kutub sering meluas. Hal ini berarti daratan di bumi mencapai wilayah yang paling luas. Jaman es terjadi empat kali yaitu Gunz, Mindel, Risz dan Wurm. Sedangkan jaman interglasial terjadi sebanyak tiga kali. Jaman interglasial merupakan jaman diantara dua jaman es, dimana es di kutub yang mencair menyebabkan sebagian besar permukaan bumi diliputi perairan.
Jaman es timbul karena suhu bumi tidak tetap. Suhu yang turun mendadak membawa akibat permukaan es meluas, sehingga bagian barat Indonesia bersatu dengan Asia. Sedangkan bagian timur bersatu dengan Australia. Sebaliknya jika suhu naik, es akan mencair yang berakibat daratan penghubung tenggelam dan terbentuk paparan Sahul dan paparan Sunda. Perubahan geografis ini akan mempengaruhi perkembangan flora dan fauna di wilayah Indonesia. Adapun perubahan bentuk kepulauan Indonesia disebabkan oleh gerakan pengangkatan, kegiatan gunung berapi dan turunnya permukaan air laut pada masa glasial.
